Na počiatku týchto pokojných mierových desaťročí bola revolúcia 1848/49, ktorá stiahla do víru udalostí celú krajinu a v základoch otriasla skostnateným polofeudálnym zriadením starého mocnárstva. Samozrejme, bokom neostalo ani slobodné kráľovské mesto Prešov.
Revolučné udalosti v marci 1848 privítali v meste predovšetkým zemania, maďarskí mešťania a maďarská patriotická liberálna inteligencia. Vytvorili národnú gardu a po vypuknutí ozbrojeného konfliktu s Viedňou mesto vyzbrojilo niekoľko desiatok dobrovoľníkov. Vzhľadom na svoju strategickú polohu a rýchly spád udalostí zmenil Prešov počas vojny niekoľkokrát pánov. Väčšina občanov sa počas revolúcie správala pasívne a zachovávala zdržanlivý postoj k obom bojujúcim stranám. V decembri 1848 bolo mesto obsadené vojskom cisárskeho generála Schlicka, ktoré začiatkom februára po Gôrgeyho víťazstve na Branisku ustúpilo pred uhorskou armádou. Túto však zakrátko vystriedali rakúske a slovenské dobrovoľnícke jednotky. V tom období navštívil Prešov aj Ľudovít Štúr a na slávnostnom zhromaždení prehovoril k občanom. Avšak už v marci do mesta opäť vpochodovali honvédi a vzápätí sa ešte dvakrát vymenili s cisárskym vojskom, s ktorým v lete prišla aj ruská armáda. Pobyt a zásobovanie veľkého počtu vojska, ako aj časté zmeny politickej situácie priniesli mestu veľké materiálne škody. 50. roky boli aj v Prešove poznačené Bachovým absolutizmom, zostrenou reakciou a prenasledovaním pokrokovo zmýšľajúcich ľudí. Viacerí významní Prešovčania, ktorí sa angažovali v revolúcii, boli uväznení alebo museli opustiť Uhorsko (František Pulský (Pulszky,1814-1897), Frigyes Kerényi, prof. Dr. S. M. Schiller-Szinessy (1820-1890) a iní). Represie a zásahy cisárskych úradov tvrdo postihli evanjelické kolégium, ktoré bolo nútené zavrieť takmer všetky svoje ústavy a existovalo iba z darov a zahraničnej pomoci. Hospodársky význam Prešova v tom období poklesol. Dominantné postavenie vo výrobe mali až do konca storočia remeselnícke dielne, príp. menšie podniky. Najvýznamnejším bol vtedy závod na výrobu keramických kachlí, patriaci Prešovskej ľudovej banke.
Popri niekoľkých menších textilných závodoch s krátkym trvaním, tehelniach a tzv. kamennej bani mal miestny priemysel hlavne potravinársky charakter, využívajúc tradície z predchádzajúceho obdobia. Išlo o dva staré mestské mlyny, malú likérku, octárne a pivovar. Rozvoj stoličnej administratívy a vydávanie novín umožnili vznik a existenciu niekoľkých tlačiarní, z ktorých miestny rámec prerástla kníh-tlačiareň Árpáda Kóscha. Na uhorské podmienky veľké, pomerne stabilné podniky predstavovali blízke solivary a veľkošarišský mlyn.
Prešov už vtedy nepresahoval hranice Šarišskej župy či východoslovenského regiónu už ani ako obchodné centrum. Popri týždennom trhu sa v meste šesťkrát ročne konali výročné trhy -jarmoky. Vďaka vysokej kúpnej sile časti obyvateľstva ponúkalo v meste svoj tovar široké spektrum obchodov a pred prvou svetovou vojnou vznikli i dva obchodné domy.
Počtom obyvateľov sa Prešov radil medzi menšie mestá. V r. 1863 tu žilo 10 300 ľudí, údaje zo sčítania r. 1900 uvádzajú už 14 447 obyvateľov mesta. Národnostný ráz mesta naďalej charakterizovala tradičná trojjazyčnosť až do konca storčia s výraznou prevahou Slovákov, prudko stúpajúcim počtom Maďarov a stále klesajúcim podielom Nemcov. Známy maďarský etnograf J. Hunfalvy napísal o obyvateľoch Prešova v 50. rokoch toto: "... prostým ľudom sú Slováci, príslušníci vyšších kruhov hovoria však tiež po slovenský, no i po nemecky a maďarsky. Čisto po maďarsky alebo po nemecky rozprávajúcich je pomerne málo..." Vtedy sa v Prešove k Nemcom hlásilo 1200 a k Maďarom 800 občanov.
Počet Maďarov do konca storočia výrazne stúpol (r. 1900 5513 a r. 1910 dokonca na 7976, čo bolo 48% obyvateľstva), a to jednak v dôsledku maďarizácie, jednak potom vplyvom prisťahovalectva zo vzdialenejších oblastí, ako i usádzaním sa statkárov z okolia v meste.
K nemeckej národnosti, ktorej podiel bol až do r. 1918 pomerne stabilný (asi 15%), sa hlásili predovšetkým občania pochádzajúci z iných stolíc a časť tunajších židov.
V konfesijnej štruktúre obyvateľstva dominovali v 19. storočí rímskokatolíci, ku ktorým patrili asi dve tretiny občanov. Približne rovnakým podielom (10%) sa na nej podieľali evanjelici a. v. a gréckokatolíci. V poslednej štvrtine storočia vznikol v meste po viac ako sto rokoch opäť reformovaný (kalvínsky) zbor, združujúci však iba necelých 300 občanov. Od roku 1849, hlavne však po r. 1867, prudko rástol počet židov a do konca storočia stúpol na viac ako dve tisíc.
Napriek spomalenému tempu hospodárskeho rozvoja prenikali postupne aj sem výdobytky technického pokroku. V r. 1894 dostalo mesto kanalizáciu, v tom istom roku sa začala stavba prvej elektrárne, poháňanej vodou z mlynského jarku a v nasledujúcom roku už bolo zavedené elektrické osvetlenie. V r. 1870 bola vybudovaná železničná trať do Košíc, o tri roky neskôr trať Prešov - Orlov a r. 1893 odovzdali do prevádzky trať Prešov - Bardejov. Napojenie mesta na železničnú dopravu neprinieslo však očakávané hospodárske oživenie. Po zavedení telegrafu si od r. 1895 začalo mesto budovať vlastnú telefónnu sieť. S pribúdajúcim obyvateľstvom bolo v druhej polovici storočia nevyhnutné riešiť problém zásobovania vodou. Úžitkovú vodu čerpali totiž občania už oddávna z Torysy, mlynského jarku alebo mestských cisterien a na pitie slúžilo viacero minerálnych prameňov v okolí. Výstavbu vodovodu navrhoval síce už koncom 18. storočia Ján Matej Korabinský (1740-1811), jeho výstavba však začala až r. 1857 a po prekonaní viacerých ťažkostí bola ukončená r. 1906.
Najväčší stavebný rozmach zaznamenal Prešov po veľkom požiari r.1887, ktorý zničil či vážne poškodil väčšinu budov. Vtedy boli upravené priečelia stredovekých meštianskych domov v centre, zbúrané malé predmestské domčeky a vybudované viaceré nové budovy i celé ulice.
Prešov bol v tomto období známy predovšetkým ako stredisko kultúry a vzdelávania. Na pôde mesta pôsobili tri vysoké školy a viacero stredných škôl. Najvýznamnejší školský ústav, evanjelické kolégium, prežívalo vtedy vrchol svojej slávy. Združovalo právnickú a teologickú akadémiu, plnotriedne gymnázium, učiteľský ústav a cvičnú ľudovú školu. Treťou vysokou školou bol gréckokatolícky kňazský seminár. Medzi významnejšie stredné školy patrili: plnotriedne štátne katolícke gymnázium, štátny učiteľský ústav, katolícka a evanjelická dievčenská meštianska škola, remeselnícke učilište, obchodné učilište a i. Miestny význam prekračovala aj ortodoxná rabínska škola ješiva.
V slovenskom literárnom živote v meste mala vedúce postavenie študentská Slovenská národná spoločnosť na kolégiu, založená začiatkom 50. rokov, pôsobiaca neskôr ako spolok Kolo a Napred. Do povedomia slovenskej kultúrnej verejnosti sa dostala vydaním almanachu Napred r. 1871. Vedúcimi osobnosťami spolku boli Koloman Banšell (1850-1887) a mladý Pavol Országh-Hviezdoslav (1849-1921). V rokoch 1910 -1912 pôsobil v meste spisovateľ a dramatik Jozef Gregor-Tajovský (1874-1940). Zaujímavé dielo vytvorili viacerí miestni básnici, píšuci v šarišskom nárečí, predovšetkým Ján Hvezda (1814-1870) a Adam Šemšei. Dominujúcou kultúrou v meste bola však v tomto období kultúra maďarská. Významnou kultúrnou ustanovizňou bol Széchényiho krúžok (Széchényi kor), založený r. 1878. Združoval niekoľko desiatok milovníkov literatúry, umenia a vedy, najmä spomedzi profesorov prešovských vysokých a stredných škôl. Zohral veľkú úlohu pri šírení osvety, vzdelania a kultúry, avšak takisto i pri maďarizácii na celom území Šariša. Usporadúval divadelné predstavenia, koncerty, literárne večery, odborné prednášky, vydával vlastnú ročenku i samostatné knižné diela. K najvýznamnejším predstaviteľom maďarskej kultúry v meste na prelome storočí patrili básnici Gustáv Csengey (1842-1925) a Jenô Sziklay, spisovatelia Karol Florián (1878-1941), Bela Meiiórisz (1875-1901) a Ôdon Horváth (1862-1919). Svojou vedeckou činnosťou sa preslávili: filozof akademik Andrej Vandrák (1807-1884), prírodovedec akademik Fridrich Hažlinský (Hazs-linszky, 1818-1896), historik umenia Kornel Dívald (1872-1921), cirkevný historik Jozef Hork (1848-1910) a prešovský historik Bela Iványi. Rusínski spisovatelia sa sústreďovali v literárnom spolku vedenom Alexandrom Duchnovičom (1803-1865).
Výtvarné umenie v Prešove v druhej polovici storočia reprezentovali Július Sándy (1868-1953), Anton Berczik, Teodor Zemplényi (1864-1917) a Koloman Hažlinský (1868-1907). Dominantnou umeleckou osobnosťou v rokoch pred prvou svetovou vojnou bol slávny maliar Pavol Szinyei Merse (1845-1920), žijúci v neďalekých Jarovniciach. V tom istom čase pôsobil v meste aj saský rodák Max Kurth (1869-1962). Už pred rokom 1918 sa svojou tvorbou predstavili neskorší významní umelci Július Tôrok (1879-1963), Ernest Rákosi (1881-1973) a Mikuláš Jordán (1892-1977). S Prešovom je nerozlučne spätý život a dielo slávneho umeleckého fotografa a priekopníka svetlotlače Karola Divalda (1830-1897).
Administratívne bol Prešov v tomto období centrom Šarišskej župy, formálne stále disponujúcim štatútom slobodného kráľovského mesta. V meste sídlila župná správa a iné mocenské orgány. Tunajšia vojenská posádka pozostávala z niekoľkých jednotiek spoločnej armády a domobrany, z ktorých najväčším bol 67. cisársky a kráľovský peší pluk. Dynamicky sa vtedy rozvíjal spoločenský a spolkový život, čo môže dokumentovať pôsobenie niekoľkých desiatok rôznych spolkov, organizácií a združení. Priamo v Prešove vychádzalo 9 titulov novín a časopisov. Najznámejšími boli spoločenský týždenník Eperjesi Lapok (Prešovské listy) a časopis Naša zastáva, vydávaný vo východoslovenskom nárečí.
V rokoch prvej svetovej vojny schudobnelo mesto i jeho obyvateľstvo. Bezprostredne po jej ukončení, 1. novembra 1918, došlo k tragickej udalosti, známej ako prešovská vzbura. Pod vplyvom revolúcie v Budapešti 31. októbra odopreli vojaci 67. pluku a niektorých menších útvarov poslušnosť svojim veliteľom. V noci potom ozbrojení vojaci vyrabovali vojenské sklady, vinárne a väčšinu obchodov v meste. Po príchode vojenskej pomoci zo Spišskej Novej Vsi bol opäť obnovený poriadok, vzbúrenci odzbrojení a zatknutí. Napriek tomu, že počas nepokojov neprišiel nikto o život a udalosti sa odohrali fakticky už po ukončení vojny, odsúdil štatariálny súd účastníkov vzbury na trest smrti. Ešte v ten istý deň, 1. novembra 1918 popoludní bolo na námestí popravených 41 vojakov a dvaja civilisti. Bola to najkrvavejšia udalosť, akú mesto zažilo od Caraffovho súdu r. 1687, a touto udalosťou končilo jednu z etáp svojich dejín.